MTs P Diponegoro Salaman menekankan pentingnya pendidikan agama sebagai fondasi utama dalam membentuk akhlak mulia siswa. Melalui pembelajaran Al-Qur’an, fiqih, akidah akhlak, dan sejarah kebudayaan Islam, siswa diajak untuk memahami dan mengamalkan nilai-nilai Islam dalam kehidupan sehari-hari.
Selain pembelajaran di kelas, siswa juga dibimbing dalam kegiatan keagamaan seperti sholat berjamaah, tadarus, dan peringatan hari besar Islam. Dengan pendekatan yang seimbang antara teori dan praktik, madrasah berharap dapat mencetak pribadi muslim yang cerdas secara intelektual dan matang secara spiritual.